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基因轉殖螢光觀賞魚之不孕技術開發( II )
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弱化雌性功能來建立非可逆性快速性轉變的石斑魚( III )
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開發神仙魚(Pterophyllum scalare)遺傳性狀之分子標記及於輔助選育之應用
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探討調控腎形真葉珊瑚生殖細胞成長與成熟相關基因
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台灣黑鯛屬魚類遺傳資源之永續經營
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神經胜肽在海洋動物之研究
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石斑魚JAK-STAT訊息路徑與免疫系統調控的交互作用之研究
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魚類抗病的分子機理及良種選育研究(兩岸合作研究)
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棲息於台灣與庫頁島櫻鮭的遺傳結構
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魚類雌雄同體兩性性腺分化發育的機制研究(兩岸合作研究)
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探討調控腎形真葉珊瑚生殖細胞成長與成熟相關基因
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魚類虹彩病毒新型疫苗研發和機制探討 (兩岸合作研究)
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基因轉殖螢光觀賞魚之不孕技術開發( III )
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建立石斑魚種原遺傳資訊及功能性標記開發輔助選育整合應用( I )
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北太平洋赤魷系群之空間生態研究(II)
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龜山島海洋保護區規劃之研究-從魚類資源的分布與生物週期談龜山島海域保護區之階段性劃設:不同生物特性之區劃管理與漁民接受度之評估(II)
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水產品認驗證經濟分析與推廣研究
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更新我國減少延繩釣漁業意外捕獲海鳥之行動計畫
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---顆粒性有機碳及多醣類在東海的通量
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---總計畫
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---水文化學與基礎生產力
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---子計畫：顆粒性有機碳及多醣類在東海的通量
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東海長期觀測與研究(Ⅲ)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---子計畫：東海溶解態無機碳碳化學系統
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---水文化學與基礎生產力
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---總計畫
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---子計畫---東海溶解態無機碳碳化學系統
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東海長期觀測與研究(Ⅲ)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響：水文化學與基礎生產力
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東海長期觀測與研究(Ⅲ)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響：總計畫
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---顆粒性有機碳及多醣類在東海的通量
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東海長期觀測與研究(IV)---子計畫---碳化學系統與環境變遷之關係
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東海長期觀測與研究(IV)---子計畫---有機碳命運與環境變遷之關係(I)
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東海長期觀測與研究(IV)---總計畫及子計畫---水文化學及基礎生產力與環境變遷之關係
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東海長期觀測與研究 --- 總計畫及子計畫：水文化學及基礎生產力與環境變遷之關係(IV)
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東海長期觀測與研究(Ⅳ)---子計畫:碳化學系統與環境變遷之關係
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東海長期觀測與研究(IV)---子計畫:有機碳命運與環境變遷之關係(II)
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101年度海研二號貴重儀器使用中心計畫
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全球變遷對西北太平洋台灣海域海洋生物地球化學與生態系統之長期觀測與研究(I)-子計畫：全球變遷因子對東海及西太平洋黑潮海域微生物能量傳遞 之影響-纖毛虫攝食
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副熱帶沿岸生態系超微真核物多樣性與攝食率之研究
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全球變遷對於西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(I)-子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域超微浮游植物細胞分子生理與族群演替之影響
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域 海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究（一）,-子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域碳酸鹽系統變動的影響
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全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域微生物循環圈能量傳遞的影響—病毒裂解與微細鞭毛蟲攝食
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全球變遷對西北太平洋台灣海域海洋生物地球化學與生態系統之長期觀測與研究(I)-子計畫：全球變遷因子對東海及西太平洋黑潮海域微生物能量傳遞 之影響-纖毛虫攝食
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東海及日本海二氧化碳系統及相關化學水文參數之比較與研究
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2013年東海國際海洋科學研討會
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海研二號貴儀中心使用計畫
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以全轉錄基因體學解析不飽和醛類對於海洋矽藻逆境生理調控之影響
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域浮游植物生態之影響：以原位雜合顯示細胞在分子層次之反應
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---總計畫及子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域基礎生產力變動之影響
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域微生物能量傳遞之影響：混營性鞭毛蟲 (著鞭毛藻)攝食行為
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域超微真核浮游植物細胞分子生理與族群演替之影響
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