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龜山島海洋保護區規劃之研究-從魚類資源的分布與生物週期談龜山島海域保護區之階段性劃設:不同生物特性之區劃管理與漁民接受度之評估(II)
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水產品認驗證經濟分析與推廣研究
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更新我國減少延繩釣漁業意外捕獲海鳥之行動計畫
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---顆粒性有機碳及多醣類在東海的通量
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---總計畫
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---水文化學與基礎生產力
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---子計畫：顆粒性有機碳及多醣類在東海的通量
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東海長期觀測與研究(Ⅲ)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---子計畫：東海溶解態無機碳碳化學系統
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---水文化學與基礎生產力
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---總計畫
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---子計畫---東海溶解態無機碳碳化學系統
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東海長期觀測與研究(Ⅲ)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響：水文化學與基礎生產力
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東海長期觀測與研究(Ⅲ)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響：總計畫
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東海長期觀測與研究(III)---河川與大氣輸送物質對生物地球化學作用之影響---顆粒性有機碳及多醣類在東海的通量
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東海長期觀測與研究(IV)---子計畫---碳化學系統與環境變遷之關係
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東海長期觀測與研究(IV)---子計畫---有機碳命運與環境變遷之關係(I)
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東海長期觀測與研究(IV)---總計畫及子計畫---水文化學及基礎生產力與環境變遷之關係
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東海長期觀測與研究 --- 總計畫及子計畫：水文化學及基礎生產力與環境變遷之關係(IV)
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東海長期觀測與研究(Ⅳ)---子計畫:碳化學系統與環境變遷之關係
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東海長期觀測與研究(IV)---子計畫:有機碳命運與環境變遷之關係(II)
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101年度海研二號貴重儀器使用中心計畫
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全球變遷對西北太平洋台灣海域海洋生物地球化學與生態系統之長期觀測與研究(I)-子計畫：全球變遷因子對東海及西太平洋黑潮海域微生物能量傳遞 之影響-纖毛虫攝食
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副熱帶沿岸生態系超微真核物多樣性與攝食率之研究
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全球變遷對於西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(I)-子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域超微浮游植物細胞分子生理與族群演替之影響
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域 海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究（一）,-子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域碳酸鹽系統變動的影響
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全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域微生物循環圈能量傳遞的影響—病毒裂解與微細鞭毛蟲攝食
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全球變遷對西北太平洋台灣海域海洋生物地球化學與生態系統之長期觀測與研究(I)-子計畫：全球變遷因子對東海及西太平洋黑潮海域微生物能量傳遞 之影響-纖毛虫攝食
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東海及日本海二氧化碳系統及相關化學水文參數之比較與研究
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2013年東海國際海洋科學研討會
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海研二號貴儀中心使用計畫
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以全轉錄基因體學解析不飽和醛類對於海洋矽藻逆境生理調控之影響
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域浮游植物生態之影響：以原位雜合顯示細胞在分子層次之反應
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---總計畫及子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域基礎生產力變動之影響
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域微生物能量傳遞之影響：混營性鞭毛蟲 (著鞭毛藻)攝食行為
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域超微真核浮游植物細胞分子生理與族群演替之影響
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域碳酸鹽系統變動之影響:以東沙環礁為例
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海洋科學與人類生活
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域碳酸鹽系統變動之影響:以東沙環礁為例
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域微生物能量傳遞之影響：混營性鞭毛蟲 (著鞭毛藻)攝食行為
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颱風與內波對南海北部生物地球化學作用之衝擊-子計畫：颱風與內波對南海北部海氣二氧化碳交換通量之影響
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海研二號研究船貴重儀器使用中心補助計畫
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我國漁業產業經營與行銷之研究-我國大宗養殖水產品運銷通路及本益調查研究
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南太平洋長鰭鮪資源研究
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寶石珊瑚漁業漁獲資料分析及漁場調查研究
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預防、嚇阻與消除非法、無報告及不受規範漁捕行為之近期發展：船籍國效能之研究
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台灣北部海域斑竹狗鮫之攝食生態、移動、成長與資源評估研究
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石斑魚產銷模式與國際競爭力之研究
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台灣北部海域斑竹狗鮫之攝食生態、移動、成長與資源評估研究
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東海南部鎖管物種之漁業生物學研究
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生態系服務給付機制之研究－臺灣西南沿海養殖漁業的可行性評估
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