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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)-子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域大氣活性氮物種之影響
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橈足類浮游動物在缺氧及有氧環境中生態變化之機制及對微量元素蓄積研究
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域營養鹽分布之影響(Ⅱ)：潮流生地化耦合模式
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黑潮研究(Ⅱ)---子計畫：西太平洋中低緯度海流特徵之衛星觀測與分析
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綠島尾流之衛星影像觀測分析
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台灣北部至中部海域海水中抗生素藥殘留分佈研究
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臺灣附近海域黑潮流軸與流幅變動性之研究
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剪流通過週期性旋轉鈍形體之渦街抑制研究
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內波與結構物互制作用之研究
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利用波浪入射與反射合成波高特性的波浪發電研究
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離岸風場與漁業協調及友善漁業空間規劃之研究(II)
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鯨鯊及巨口鯊棲地環境及營養位階比較之研究
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域仔稚魚生態之影響
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離岸風機基座之聚魚效應評估
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氣候變遷調適科技整合研究計畫(TaiCCAT)-環境系統分析及資料加值(III)
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沿近海重要漁業資源管理與利用之調查研究
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氣候變遷對遠洋鮪類資源及漁場變動之影響
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三大洋混獲物種資源調查研究
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離岸風場與漁業協調及友善漁業空間規劃之研究(I)
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南方黑鮪生殖腺分析研究
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氣候變遷對澎湖群島海洋生態系之衝擊及脆弱度評估
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印度洋劍旗魚之管理策略評估模式建構與分析(二)
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我國在三大洋混獲鯊魚資源風險評估
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耳石生態地化研究:同位素分析技術在魚類生態研究之應用
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增裕臺灣沿近海漁業資源之規劃研究
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重要棲地環境調查研究---臺灣周邊海域基礎生產力監測及湧升流漁業資源調查
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台灣周遭三個烏魚隱蔽種遺傳多樣性及分布之長期變遷
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以生態地化研究來解析台灣附近烏魚之洄游模式及族群生態
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烏魚動態解析及管理措施之研究
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氣候變遷對印度洋鮪旗魚類漁海況之影響分析
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印度洋旗魚類以及南方黑鮪資源研究
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氣候變遷對太平洋及大西洋鮪旗魚類漁海況之影響分析
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我國在三大洋混獲鯊魚資源風險評估
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台灣海洋大型褐藻馬尾藻科系統分類、族群遺傳多樣性以及氣候變遷下的生活史研究
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：河川輸出與營養鹽躍層對矽藻核酸含量和族群生長之影響
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以生物記錄儀配合洋流資訊來了解海龜洄游行為與海況間的關係(Ⅳ)
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究(Ⅱ)---子計畫：河川輸出與營養鹽躍層對矽藻核酸含量和族群生長之影響
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白蝦造血組織專一性表現基因LP5之研究
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淺海熱泉作為氣候變遷現象之模板：生物多樣性和海洋資源之永續合作研究、保育、教育倡議-龜山島熱泉對橈足類生態、螃蟹生理及珊瑚與十足目共生之效應：熱泉生態系之永續發展研究(I)
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海洋酸化對烏魚(Mugil cephalus)生殖生理的影響
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臺灣紅樹林海生疫病菌多樣性、親源關係以及產脂肪酸能力之探討
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長額蝦總科之分類與演化親緣關係研究
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矽藻在海洋酸化狀態下的氮磷吸收基因表現與全蛋白質體分析
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全球暖化對東海南緣水域浮游動物群聚結構衝擊之研究
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以生物記錄儀配合洋流資訊來了解海龜洄游行為與海況間的關係 (III)
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復育基隆海岸生物多樣性－基隆地區近岸海洋生物多樣性評估及海洋生態復育重點規劃－基隆地區大型底棲海藻多樣性組成時空變化及生態復育( II )
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復育基隆海岸生物多樣性－基隆地區近岸海洋生物多樣性評估及海洋生態復育重點規劃－基隆地區海域魚類多樣性組成與群聚時空變化評析與資料庫的建置( II )
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白點症病毒致病機轉：蝦葡萄醣通道蛋白Glut1於病毒感染過程中角色之探討
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復育基隆海岸生物多樣性－基隆地區近岸海洋生物多樣性評估及海洋生態復育重點規劃－基隆地區海域之底棲無脊椎動物群聚時空變化評析 (II)
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全球變遷對西北太平洋臺灣海域海洋生物地球化學與生態系統影響之長期觀測與研究 (I)－子計畫：全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域矽藻營養鹽限制之影響 (III)
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